O módulo antivírus combina uma série de características que impedem a entrada na rede de ficheiros indesejados ou potencialmente perigosos. Estas características funcionam de diferentes maneiras, tais como a verificação do tamanho do ficheiro, nome, tipo de ficheiro, ou a presença de um vírus ou assinatura de software cinzento. Ao fazê-lo, todos os mecanismos antivírus têm acesso simultâneo ao tráfego, assegurando que muitas operações podem ter lugar quase simultaneamente. Isto aumenta significativamente o desempenho do motor de antivírus.

• High Peformance AntiVirus: A tecnologia anti-vírus optimizada da Fortinet utiliza uma combinação de módulos de detecção de assinatura e heurística para fornecer protecção multi-camadas e em tempo real contra múltiplas formas de ataque. O desempenho extremamente elevado do sistema é alcançado através da utilização do processador de conteúdo integrado (CP) FortiASIC, juntamente com a tecnologia patenteada da Fortinet conhecida como CPRL ou Content Pattern Recognition Language, para um scan acelerado de ficheiros de vírus e detecção heurística/anomalítica.
• Técnicas AntiVírus: Dependendo do nível de protecção necessário, diferentes instâncias podem ser activadas para verificar a existência de malware nos dados recebidos. É feita uma distinção entre scan de padrão, scan de grayware e uma análise heurística. Enquanto os dois primeiros procedimentos verificam as definições de vírus conhecidos, o último pode também detectar mutações de vírus conhecidos ou assinaturas de vírus completamente novas.
• Actualizações em tempo real: A eficiência de uma solução antivírus não é apenas medida pelo seu rendimento ou taxa de detecção, mas também pela velocidade a que as actualizações de assinaturas chegam. Através da Rede de Distribuição FortiGuard (FDN), esta informação é continuamente actualizada e fornecida em tempo real. Este processo é automático e não requer qualquer intervenção do administrador. Em comparação, o motor Fortinet AV está consistentemente classificado entre os 5 principais fornecedores de anti-vírus.